王因遺址位于山東省兗州市王因鎮王因村南面的一片稍隆起的臺地上，與周邊平地高約1米。
遺址東2公里為古老的泗河，遺址北側有一條古河道。遺址中心部分面積為6萬(wàn)平方米，外緣面積12萬(wàn)平方米，是一處較大型的遺址。1975年秋至1978年秋，中國社會(huì )科學(xué)院考古研究所對此遺址共進(jìn)行了7次發(fā)掘，揭露面積10180平方米，發(fā)掘新石器時(shí)代墓葬899座，房址14座，灰坑423座。出土了大量石、陶、骨、玉、蚌、牙、角質(zhì)器物，還有不少的動(dòng)物遺骸等。
王因遺址分為五層，二至四層為大汶口文化早期地層，第五層為北辛文化晚期地層。王因遺址墓葬全部出在大汶口文化地層中，葬式以仰身直肢葬為主，合葬和二次合葬占一定比例，側身和曲肢葬為數較少。王因遺址墓葬區是全國最大的史前墓地之一和發(fā)現墓葬最多的氏族公共墓地。王因遺址的發(fā)掘以墓葬區為主，尚有大面積的生活區保存完整。王因遺址0土的生產(chǎn)工具、生活用具、墓葬隨葬品以及亞熱帶動(dòng)物遺骸，為研究史前生活習俗、埋葬方式、人類(lèi)體質(zhì)特征和史前環(huán)境提供了重要的實(shí)物資料。
王因遺址所反映出來(lái)的大汶口文化和北辛文化，從而對確立兩種文化的傳承關(guān)系，提供了非常關(guān)鍵的地層依據。王因遺址的發(fā)掘資料由中國社會(huì )科學(xué)院考古研究所編著(zhù)為《山東王因》考古專(zhuān)著(zhù)，并由科學(xué)出版社出版發(fā)行。
2006年王因遺址作為新石器時(shí)期的古遺址，被國務(wù)院列入第六批全國重點(diǎn)文物保護單位。