指林寺位于建水縣城建中路（現臨安路）西段，文廟以西，被譽(yù)為“臨安首寺”。民間素有“先有指林寺，后有臨安城”（建水古稱(chēng)臨安）的說(shuō)法。
據碑刻記載，早在宋代大理國統治此地時(shí)期，這里是一片茂密的森林，常見(jiàn)一只鹿出沒(méi)其間。一天，有人逐鹿至林中，鹿忽不知去向，只有一異人前來(lái)，指著(zhù)森林對眾人說(shuō)：“鹿居此久矣，汝輩為何取它？”言畢，亦復不見(jiàn)。眾人皆驚詫?zhuān)詾橛龅缴袢讼陕梗懔⑿R，繪塑神像以祀。許愿求神者認為靈驗，香火日盛。到了元代元貞年間（1295－1297），郡人何昌明于此大興土木，請來(lái)中原工匠，改建為一殿二塔，繪塑佛、菩薩、大士之像，棲住持，每日晨鐘暮鼓，香煙繚繞，成為參禪拜佛之所。并取前述異人事，書(shū)“指林寺”匾懸于門(mén)楣。因而，碑刻稱(chēng)：“寺始于宋，成于元，而興于今。”
明清時(shí)期，指林寺內又增建了天王殿、地藏殿、藏經(jīng)閣、準提閣、環(huán)翠亭等，“幡幢雜沓，鼓鐘振揚，為一郡瞻依之所”，“有十方大禪剎之風(fēng)”，而成為滇南的著(zhù)名禪寺。明代學(xué)者、狀元楊升庵謫滇期間，曾應建水歸里進(jìn)士葉瑞之邀，寓居小桂湖泮，并“游顏洞，棲指林”，作有《指林寺》詩(shī)一首：“梵音妙音海潮音，前心后心皆此心。試詢(xún)禪伯元無(wú)語(yǔ)，白水青岑環(huán)指林。”
此禪院尤以建于元貞年間、現在保存完好的正殿聞名于世。經(jīng)北京古建筑專(zhuān)家考察，證實(shí)確屬距今700余年的元代古老木構架建筑，省內少有，全國亦屬罕見(jiàn)。現僅存指林寺正殿和指林寺牌坊。正殿內保存有兩幅佛教工筆白描壁畫(huà)，為明朝永樂(lè )年間成畫(huà)。一幅為釋迦牟尼講經(jīng)圖，一幅為孔雀明王法會(huì )圖。正殿丹墀前有指林寺牌坊“第一山”,相傳為流之來(lái)滇的建文帝光顧指林寺所題。現為省級重點(diǎn)文物保護單位。