圖牧吉國家級(jí)自然保護(hù)區(qū)自然博物館位于扎賚特旗圖牧吉國家級(jí)自然保護(hù)區(qū)辦公樓西9公里處，建筑面積500㎡。建于2003年，2006年6月正式開館，共收集動(dòng)物標(biāo)本55種147件，植物標(biāo)本60件，墻壁鳥類圖片70件。自然博物館致力于“標(biāo)本收藏、科普教育、科學(xué)研究、觀賞娛樂”為一體，采取高科技的聲、光、電等手段，模擬自然界中鳥獸的生活狀態(tài)，力圖再現(xiàn)圖牧吉草原和濕地生態(tài)系統(tǒng)原貌，是了解保護(hù)區(qū)的一個(gè)重要窗口。

自然博物館分序廳、大鴇廳、生態(tài)廳、植物標(biāo)本及圖片展廳、電教室和警示廳。序廳內(nèi)有反映保護(hù)區(qū)全貌的沙盤，從這里可以了解到保護(hù)區(qū)的面積、區(qū)域類型、鳥類資源分布等情況；大鴇廳全程再現(xiàn)了大鴇從育雛到成鳥的過程；生態(tài)廳展示了保護(hù)區(qū)豐富的動(dòng)物資源，尤其是充分展示了珍稀鳥類在保護(hù)區(qū)嬉戲、追逐、啄食的生活形態(tài)；植物標(biāo)本及圖片展廳展示了保護(hù)區(qū)豐富、珍稀的植被資源；電教廳可容納百余人觀看科普宣傳教育片；警示廳展示了由于人們亂捕濫獵造成的嚴(yán)重后果，警醒人們要珍愛自然、珍愛生命。

博物館常年向青少年學(xué)生免費(fèi)開放，利用大自然的獨(dú)特風(fēng)光，通過圖片、標(biāo)本、實(shí)物、模型等形式進(jìn)行愛國主義教育。2011年11月被內(nèi)蒙古自治區(qū)黨委宣傳部命名為自治區(qū)級(jí)愛國主義教育示范基地。