南水仙廟又稱(chēng)松滋王侯廟。明代為祀文天祥部將麻、尹兩將軍，在南上塘立廟，稱(chēng)’雙忠祠“。因廟址在運河旁的驛道上，運河中運糧士卒和漁民船民經(jīng)過(guò)這里，大多會(huì )在此停靠歇息，進(jìn)廟祈禱，遂奉為水仙。
清康熙二十二年(1683年)，錫地民眾為紀念明嘉慶年間的無(wú)錫知縣王其勤，在雙忠祠南側另建一廟，因王其勤是湖北松滋人，所以取名‘松滋王侯廟”并將兩廟合為所。清乾隆四十六年重修殿宇，至嘉慶十四年(1809年)拓地擴建，咸豐年間被毀，后又重建。重建后廟宇有頭山門(mén)、二門(mén)、戲臺、大殿、酒廳、茶廳、蠶師殿及北側的雙忠祠正殿，書(shū)廳等建筑。
南水仙廟的廟舍從1928年起成為了谷余小學(xué)的校舍，后邑人覺(jué)得南門(mén)缺少中學(xué)又升為中學(xué)，更名為培南，遂又復為小學(xué)，學(xué)校在抗戰時(shí)期停辦。1941年，地下黨為了在錫開(kāi)展工作，需要身份掩護，又復辦培南中學(xué)。地下黨員邱寶瑞親任校長(cháng)其后陸續來(lái)了很多地下黨員，皆以教師身份為掩護，開(kāi)展革命工作。
南水仙廟1989年列為市文物保護單位，2001年建成無(wú)錫市道教觀(guān)。在水仙道院保護性修復工程實(shí)施過(guò)程中，將道教文化融入其中，以道教藝術(shù)展示廳、道教音樂(lè )博物館的形式布展，充分挖掘和展現無(wú)錫道教音樂(lè )作為國家級非物質(zhì)文化遺產(chǎn)的獨特魅力。