吐峪溝石窟位于新疆維吾爾自治區吐魯番地區鄯善縣吐峪溝鄉，是吐魯番地區目前已知開(kāi)鑿年代最早的石窟，是高昌時(shí)代最早、規模最大的一座石窟。
石窟始建于4世紀。5～6世紀，北涼至麹氏高昌時(shí)期建寺鑿窟達到熱潮，并成為皇家寺院所在。7～12世紀，回鶻高昌時(shí)期也有開(kāi)鑿或改鑿洞窟。13世紀，隨著(zhù)伊斯蘭教的傳播逐漸廢棄。20世紀初，外國探險隊至此盜割盜掘，大量珍貴文物流失海外。
洞窟沿吐峪溝兩側南北長(cháng)約500米的范圍內分布。分東西二區，現存洞窟總計為94個(gè)，編號洞窟46個(gè)，其中僅有9個(gè)窟留有壁畫(huà)。其窟形可分為方型窟、中心柱窟和縱券頂窟。方形窟以其窟頂形式，又可分為平頂式、覆斗式、穹廬式。石窟類(lèi)型有支提窟、毗訶羅窟和講經(jīng)窟3種。以禪窟和講經(jīng)窟數量最多，計37個(gè)窟，且分居于禮拜窟左右，與克孜爾石窟布局相似，反映了中國早期石窟特征。
吐峪溝石窟的壁畫(huà)大部剝落嚴重，較能辨其內容的第44窟中，正壁和兩側壁上均繪一佛二菩薩。本生故事畫(huà)較為清晰，計每壁各有1組7幅畫(huà)，每幅畫(huà)旁有漢文題記。尚可辨認的壁畫(huà)內容有：“羼提婆利忍辱截割手足”、“摩鉗太子求法赴火”、“慈力王施血飲五夜叉”、“薩那太子舍身飼虎”和“毗楞竭梨王身釘千釘”、“尸毗王割肉貿鴿”等。
吐峪溝石窟是高昌地區已知開(kāi)鑿年代最早的石窟，是中原佛教文化與西域佛教文化最早交匯的地區。洞窟形制和壁畫(huà)遺存反映出多種文化對高昌石窟藝術(shù)的影響，是我國佛教藝術(shù)的藝術(shù)寶庫。吐峪溝石窟附近古老的傳統建筑形制的民居使用至今，在中國土質(zhì)建筑史上也是罕見(jiàn)的。吐峪溝石窟周?chē)撵旖棠乖帷⒎鸾趟略骸⒁了固m教麻扎，反映了當地多種宗教、多種文化的深厚歷史底蘊。
2006年5月，吐峪溝石窟作為南北朝至唐時(shí)期的石窟，被國務(wù)院批準列入第六批全國重點(diǎn)文物保護單位名單。